機能詳細

DNASIS Pro本体機能

配列編集機能

配列入力ウィザード

配列の入力編集（変更、挿入、削除、コピー＆ペースト）

複数配列同時表示・編集（最大100本まで）

長配列編集機能（最大5Mbp程度）

配列のエクスポート

対応ファイル形式

GenBank形式、マルチGenBank形式

PIR形式、マルチPIR形式

EMBL形式、マルチEMBL形式

fasta形式、マルチfasta形式

テキスト形式

旧DNASIS形式

波形データ（SCF形式など）

相補鎖同時表示機能

RNA表示モード

オリジナル配列同時表示機能

相補鎖・逆鎖・逆相補鎖変換

'N'マスク機能

配列検索機能

不連続な複数範囲の選択/連結

配列名の編集

表示フォント・サイズ・色をユーザ毎に変更可

配列の読込複数エントリーファイルから任意配列の読込

ギャップ付きの配列読込

クリップボードからのペースト（不要文字列の自動除去)

波形データ・表示・編集機能

DNAオートシーケンサーの出力ファイル（SCF形式など）の波形表示

波形を見ながら塩基の削除・変更

複数波形の同時表示

表示幅・高さ調整

任意のトレースの表示/非表示

波形データの逆相補鎖表示

SNP検索支援（参照配列とのアラインメント ）

アノテーション編集機能

Features Keyの自動読込み

GanBank形式、EMBL形式、PIR形式に対応

アノテ－ションデータをグラフィカルに表示

アノテ－ションの追加が可能

DNA配列解析機能

塩基組成

GC含量

アミノ酸翻訳

オープンリーディングフレーム（ORF）検索

コドンテーブルの選択・編集、開始コドンの選択・編集

ORFのグラフィカル表示

ORFへのコメント付け

フレーム毎の表示・非表示、特定のORFの表示・非表示

ORFリスト表示

ORFリストでのDNA配列・翻訳配列の表示

ORFリスト印刷

制限酵素サイト検索

制限酵素名と分類による制限酵素指定が可能

制限酵素サイトのグラフィカル表示

相補鎖同時表示によるカット形状の表示（配列表示）

全制限酵素同時表示/制限酵素毎の表示（マップ表示）

指定範囲を切り出すための最適酵素の検索

切断回数の最小・最大を指定しての検索

最新制限酵素データベース(610酵素)

制限酵素カットサイトリスト表示

制限酵素カットサイトリストの印刷

フラグメントリスト表示・印刷

環状DNA配列に対応

新たな制限酵素データの追加可能

ミューテーションサイト検索

プライマー設計

Primer3を利用

プライマーのグラフィカル表示

プライマーリスト表示

プライマーリストの印刷

オリゴプローブ設計

リアルタイムPCR用プライマー設計

SYBR® Green法、TaqMan®プローブ法に対応

特異性チェックが可能

Exon Junction情報を考慮した設計

Dimerの表示

Exon領域の表示

siRNA設計

RNAi効果の高い、よく効くsiRNA配列の規則性を考慮

ターゲット配列に対するsiRNA候補領域をグラフィカルに表示

siRNA候補領域の特異性をチェック

タカラバイオPerfectRealTimeサポートシステム連携

DNASIS Proからタカラバイオ株式会社のリアルタイムPCRプライマー設計、オンライン注文システム「Perfect Real Time サポートシステム」を利用可能

エクソンプライマー設計

エキソン情報を元に、各領域内でフォワードプライマーとリバースプライマーを一度に設計

選択的スプライシングの検出が可能

モチーフ検索

データベースによるパターン検索

ユーザ入力パターンによる検索

相補鎖検索

モチーフリスト表示

モチーフリスト印刷

モチーフデータを追加可能

共通モチーフ検索

低クオリティ末端・ベクタートリミング機能

サイト探索

ヘアピンループ探索

タンデムリピート探索

スタッキングサイト探索

ホモロジー検索機能

Blast プログラムを用いた相同性検索をDNASIS Proのインターフェースより実行することができます。自分のパソコン内のIn-houseのデータベースに対するBlast検索と、インターネット経由での公共データベースに対するBlast検索の両方が可能です。また独自のデータベースを作成することもできます。

Blast検索（インターネット）

NCBIのBlast検索サービスがボタン1つで利用可能

専用のパラメータ設定画面で検索条件を容易に設定

使い易いインターフェイス

ヒットエントリーのワンクリック自動取得

100エントリーまでのBlast検索＆フィルタリングの自動化

※インターネットへの接続環境が必要となります。

Blast検索（ローカル）

In-houseデータベース作成・利用可

複数データベースの同時検索可能

ヒットエントリーのワンクリック自動取得(GenBankのみ)

100エントリーまでのBlast検索＆フィルタリングの自動化

独自のデータベース作成支援

In-houseデータベース作成可能(800万件/DB、DB数無制限)

公共データベースからデータをダウンロードし、In-houseデータベース作成可能

Blast検索結果から配列の取得が可能

1対1のBlast検索

DNASIS Proに読み込んだ2本の配列同士でBlast検索を実行

Smith-Waterman検索

Blastより高精度な検索

長いギャップも検出

クラスタリング

Blastによる配列類似性に基づくクラスタリング（最大100配列）

クラスター内の代表配列の抽出

オリジナル配列同時表示機能

解析結果のプロジェクトへの保存（複数の結果を一つのプロジェクトへ保存可能）

マルチプルアライメント機能

ClustalWアルゴリズムを用いた複数配列のアライメント、進化系統樹を作成できます。 また、マルチプルアライメントプロファイルの作成、プロファイルを用いた系統樹の作成も可能です。

Clustal W法による複数配列のアライメント

マルチプルアラインメント(最大100配列)

アライメントの計算方法は、2種類から選択可能（高精度なDP法か高速なWilbur & Lipman法）

アライメントのグラフィカル表示

完全一致部分・部分一致部分の強調表示

アラインメントの編集（ギャップの挿入・削除）

コンセンサス配列の作成（コンセンサス配列の決定方法を完全一致のみ、完全一致または部分一致、複合コードの3種類から選択可能）

アラインメント上の選択した特定領域を増幅するプライマー設計が可能

アラインメント結果のMSF形式でのエクスポート

ギャップ入り配列のインポート

コンセンサス配列と一致する部分をマスクしてファイル出力

全配列間のマッチ率のレポートをファイル出力

進化系統樹作成（NJ法)

NJ法を用いた進化系統樹の作成

4種類の表示方法が可能（Phylogram、Rectangular Cladogram、Slanted Cladogram、Unrooted）

ブートストラップ法による樹形の信頼性評価

手動にて編集した配列に対する系統樹計算

系統樹のDND形式でのエクスポート

プロファイルの作成

マルチプルアライメントプロファイルの作成

プロファイルを用いた系統樹作成により、解析時間を短縮

SNP検出

参照配列とアライメントを行った後、波形データとアライメント結果を並べて表示

SNP位置を波形表示し、確認することが可能

配列連結機能

独自のアルゴリズムによりコンティグを作成

コンティグのグラフィカル表示

フラグメント配列やコンティグの簡単管理（Contig Manager使用時）

核酸配列のトリミングや連結の一括自動処理（Contig Manager使用時）

波形を見ながらの編集が可能（Contig Manager使用時）

※ Phred/Phrapオプションの利用により、クオリティ値を用いた高精度・高速な配列の連結が可能となります。

アミノ酸解析機能

アミノ酸組成

親水性・疎水性解析

等電点予測

タンパク質分解酵素認識部位検索

分解酵素データの追加可能

モチーフ検索

共通モチーフ検索

その他の解析機能

Entrez検索

NCBIのWebサイトで提供されているEntrez検索システムを利用

検索結果から指定した配列を自動的にNCBIからダウンロードし、編集・解析が可能

プラスミドマップ描画

制限酵素切断部位とアノテーション情報を利用し、プラスミドマップを自動で描画

フラグメントや制限酵素切断部位の追加可能

配列に関する情報をさまざまな形状や色の図形として追加可能

データベース機能

配列データベース

配列の検索、削除、更新

エディタへのエクスポート

ベクターデータベース

制限酵素データベース

モチーフデータベース

タンパク質分解酵素データベース

コドンテーブル

プロジェクトウィンドウ共通機能

プロジェクトの作成・保存

任意配列の表示/非表示/削除

配列の表示順の変更

任意解析結果の表示/非表示/削除

解析結果の表示順の変更

解析結果一覧ボタン

パラメータリセットボタン

マップ表示機能

マップの表示・非表示

マップカーソル

拡大・縮小・100%表示

イメージのクリップボードコピー

ルーラ機能

配列の上部に数字のみ/数字と目盛り線/表示なし

配列の左右に数字表示

折返しなし/ウィンドウ幅で折返し/固定幅で折返し

指定bp/aa毎にスペースを入れる/入れない

DNASIS Proオプション機能

DNASpaceオプション

DNASpaceは大量データを連続的に解析するために開発されたプラットフォームです。数百、数千の配列をドラッグ＆ドロップで一度に入力し、自動で解析を行うことができます。 また、さまざまな解析機能を組み合わせ、独自の解析手順を作成することも可能です。

カスタマイズが容易

DNASpaceはユニークなインターフェースを持っています。

様々な解析ツール（メソッド）がアイコンで用意されています。そのアイコンをツリー状に連結していくことで独自の解析手順を簡単に作成することができます。

カスタマイズが容易

数百、数千の配列を一度に解析することができます。

作成した解析手順に従い、配列は自動的に処理されます。

スケジュール機能、解析履歴管理機能、フォルダ同期機能などが、大量のデータ解析をサポートします。

高い拡張性

テキスト処理に優れたプログラミング言語Perlで簡単な解析アプリケーション（メソッド）を作成したり、高度な解析アプリケーションを任意の プログラミング言語で作成したり、ラッパーを用意して既存のソフトウェアを利用したりすることができます。

DNASpace中の既存のアプリケーションと組み合わせることで、より望ましい環境の構築が可能です。

解析例１－シーケンサからのデータの自動分類

オートシーケンサーの出力データからベクター配列を除去し、クオリティーチェックに合格した配列のみを用いてBlast検索を行い、検索結果により、既知配列か未知配列かに分類します。

解析例２－プライマー設計支援

PCRプライマーの設計後、各々のプライマーでBlast検索を行います。Blast検索の結果から、特異的プライマーであるかどうかを判定することができます。プライマー設計の代わりに、プローブ設計を行うと、マイクロアレイのプローブ選択にも使用できます。

Phred/Phrapオプション

Phred/Phrap は、ワシントン大学で開発されたDNA配列データのベースコール・アセンブルプログラムです。波形データを用いた高速・高精度なアセンブルが行えることから、大量シークエンシングを行う世界中の多くの研究機関で利用され、ゲノム解析分野におけるデファクトスタンダードとなっています。
弊社では、これまで主にUNIX環境で使用されていたこのプログラムを、Windows 環境で簡単に使うことができるようにしました。DNASIS Proにオプションとして追加して頂くことにより、 DNAオートシーケンサーから出力された波形データのベースコーリング、ベースコール後の各塩基の信頼性評価、および配列の連結・編集が可能となります。

Phred-ベースコール＆クオリティ評価

DNAオートシーケンサーが出力した波形データファイルを読み込み、ベースコールと各塩基のクオリティ値の計算を行います。

クオリティ値により、各塩基の品質を確認できます。

クオリティ 値：ベースコールした各塩基がどの程度の確率で正しいかを表す値

SCF形式などのクロマトグラムの読み込みが可能で、フォー マットは自動的に認識されます。

Phrap－高精度・高速配列連結

大量の配列を高速に連結することができます。

Phredで計算したクオリティ値を使用することで、より高精度な連結が可能となります。

シーケンシング時のシーケンス方向をファイル名のパターンから自動的に認識することも可能です。

トリミングの一括処理

最大6個までトリミング用にベクターを登録できます。

連結したい配列すべてに対して、一括してトリミング処理を実行することが可能です。

Contig Manager－コンティグプロジェクト管理

プロジェクト管理

配列、波形データ、クオリティ値、連結結果、解析パラメータ等、あらゆるデータをプロジェクトで管理できます。

全コンティグのマップ表示

ユーザ設定による2段階のクオリティ 値色分け表示が可能です。

データの管理

数万件におよぶデータの格納、階層フォルダによるデータの管理、名称パターンによるフラグメント・コンティグの検索が可能です。

トリミング・その他

最大6個までのベクタートリミング、コンティグの解除、トリミングのやり直し、フラグメントの追加、部分的な再アセンブル、フラグメントの削除ができます。

Contig Viewer－コンティグ結果表示・編集

コンティグをグラフィカルに表示することができます。

コンティグの配列情報と波形情報の同時表示もでき、波形を見ながらの塩基の編集が可能です。

管理マップ表示

クオリティ値を色分け表示できるため、クオリティの低い位置の確認も容易にできます。
任意の部分の拡大表示が可能です。

配列表示

アライメントされた配列の表示、不一致/低クオリティ値/複合コードのマーキングおよび連続ジャンプができます。

塩基編集

フラグメント配列塩基の編集およびコンセンサス配列の自動計算、編集後の配列での再アセンブル、特定フラグメントを除去しての再アセンブルが可能です。

コンセンサス配列に対するプライマー設計等の各種解析（DNASIS Proとの連携機能） ができます。

Trace Viewer－波形データ・クオリティ表示

Contig Viewer上のアライメントの特定塩基位置と連動します。

クオリティ値のバーグラフ表示、ユーザ設定による2段階の色分け表示できます。

複数波形の同時表示できます。

Phred後データのfasta、SCF形式でのエクスポートが可能です。

DNASIS Proネットワーク版

DNASIS Proネットワーク版

ネットワークに接続したパソコンに台数無制限でDNASIS Proをインストールし、同時に使用できるパソコン数に制限を設ける形態のライセンスです。研究所全体での百数十台規模から研究室での数人規模までさまざまな使用環境にスケーラブルに対応します。

※ 標準で3ライセンスが付属しており、最大3台のパソコンから同時にDNASIS Proを使用することができます。

コスト効率のよいライセンス体系

ライセンスを効率的に利用できる「同時利用数の制御」という考え方を採用しています。一人で何台ものパソコンを利用する場合や、利用時間が異なる何人もが、異なるパソコンを利用する場合に、とくに有効です。

利用履歴の収集

どのパソコンで、いつ、誰が利用したかという情報を自動的に記録します。ライセンスの追加や共同利用施設での課金を行う際の参考情報として利用することができます。

ネットワークライセンスの仕組み

標準の３ライセンスを例に説明します。

• 1台のライセンスサーバを用意し、ライセンス管理ソフトをインストールします。また利用したい方全員のパソコンにクライアントのDNASIS Proをインストールしておきます。DNASIS Proを起動するとライセンスサーバにライセンス数の確認を行い、保有ライセンス数までは、DNASIS Proを同時に利用することができます。
  
• 保有ライセンス数を超えた場合は、クライアント（DNASIS Pro）を起動できません。
  
• 利用の終わったクライアント（DNASIS Pro）を終了させれば、保有ライセンス数までクライアント（DNASIS Pro）を起動することができます。
  

研究室単位での利用の場合

研究室内の常時運用されている１台のパソコンに、ライセンス管理ソフトをインストールすれば専用サーバを持つ必要はありません。研究室内の任意のパソコンにDNASIS Proをインストールしておき、保有ライセンス数まで同時にご利用頂けます。会議室などの離れた場所でも、LAN接続があれば利用することが可能です。

研究所全体での利用の場合

インストールするパソコンの台数に制限がないため、台数や利用人数、ライセンスを厳密に管理することなく、百数十台規模といった研究所全体での利用が可能です。利用できるパソコンを増やす場合はソフトのインストールを、高利用率状態が続く場合はライセンスの追加をするだけです。煩雑な設定は必要ありません。

※ 利用できる範囲は同一敷地内の同一組織に限ります