機能詳細

全体の処理概要

ファイル入力から出力まで、実行ボタンを押すだけで自動処理を行います。各ステップのパラメータ設定もお客様の解析設定に合わせて設定変更できます。

1. 波形データを入力した場合、DNASIS Phred/Phrapオプションを利用して、Phredプログラムが波形データの信頼性評価を行い、波形のクオリティ値を算出します。
   ※DNASIS Pro Phred/Phrapオプションをお持ちの方のみが利用できます。
2. Phredプログラムによるクオリティ値を基に、クオリティの低い領域をNに置換（マスキング）します。 phdファイルを入力した場合、ファイルに記載のクオリティ値を使ってマスキングします。
3. 2でマスキングされたN配列のトリミングや末端トリミング、ベクタートリミングを行います。塩基配列データを入力した場合、N配列や末端トリミングから実行できます。
4. データベースに対して相同性検索（BLAST）を実行します。入力データが複数ある場合、複数回実行します。
5. 各QueryのBLAST検索結果に対して、指定された条件を満たすものを抽出します。
6. 判定に合格した結果から、生物種分類データベース（＝Taxonomyデータベース）を検索して生物種を特定します。
7. 同一のTaxonomyをもつものをカウントし、系統的に生物種を分類します。
8. 上記、1～7までの結果を出力します。ここまでの処理を自動で行うことができます。
9. 相同性検索の結果や、任意に指定した配列を使い、マルチプルアライメントを実行します。
10. 任意の領域を指定し、長さを揃えます。系統樹の実行に利用します。
11. ClustalWを実行し、Treeを描画します。

複数データの同時分析が可能

ABIやSCF形式の波形ファイルやphdファイル、GenBank形式の塩基配列データをまとめてインポートし、低クオリティ領域の除去から結果レポートの出力まで一括データ処理が行えます。

ファイルの種類

シーケンシング波形データファイル(ABI形式、SCF形式）

phdファイル（配列データとクオリティ値を記述したファイル)

塩基配列ファイル(GenBank、EMBL、Fastaなど）

利用可能なデータベースの種類

標準でインストールされるデータベース

DDBJが提供している16S rDNAデータベースがすぐにお使い頂けます

全生物種のTaxonomyデータベース（NCBI）がインストールされます

公共データベース

インターネットBLAST（NCBI）を使って直接公共DBを検索できます

独自のデータベース

お手もとのファイルからデータベースを作成できます

NCBI Entrez検索の結果から簡単にデータを取り込めます

複数のアクセッションを指定してデータを取り込めます

Taxonomy情報を更新することができます

波形データの信頼性評価やトリミング機能

Phredによるベースコールによってい算出されたQuality Valueを元に、Qualityの低い領域のマスキングを行います※

末端やベクター配列によるトリミング操作を自動的に行います

(※)波形データの信頼性評価を行うPhred/Phrapプログラムによるオプションが別途必要になります。既にDNASIS Pro Phred/Phrapオプションをお持ちの方は、新規にご購入いただく必要はありません。 トリミング機能はオプションは必要ありません。

複数の相同性検索結果を一覧に

作成したIn-houseのデータベース、またはインターネット経由で公共データベースに対して検索が行えます

複数のデータベースに対して、条件指定で絞り込んだ検索が可能です

複数の解析結果を使いやすい表形式で出力します。生物種の情報や公共DBへのリンクが自動的に張られます

生物種の情報が系統的に把握

相同性検索の結果からスコアやE-value、キーワード、マッチ率、配列長などでフィルタリングします

条件を満たす配列からの生物種の一覧と同定生物種のカウント数を出力します

Taxonomyデータベースの情報に基づいて、系統的に結果を表示します

マルチプルアライメントと系統樹で近隣種の確認

解析結果やデータベースから、必要なデータを選択してマルチプルアライメントを行えます

系統樹作成のために配列長を簡単に揃えることができます

アライメント済みの配列ファイルを追加したり、解析結果を出力して他のソフトウェアで活用できます

そのほかのメリット

ログインユーザごとに実行履歴を自動で作成します

最新データを公共データベースから更新できます

DNASIS Pro、DNASpaceオプションがお使い頂けます

V2.5の新機能

V3.0の新機能

V3.1の新機能

搭載意見のご意見・ご要望

製品版・評価版をお使いいただいているお客様より、搭載機能についてご意見、ご要望などありましたら、お気軽に下記までご連絡ください。次バージョンのエンハンス項目として検討させていただきます。
ご意見窓口宛
※お問い合わせの際は「お名前」「会社名」「ご連絡先」を必ずご明記下さい。