クローンライブラリ解析

概要

ある環境下で採取した微生物群のDNAを抽出し、特定遺伝子領域を増幅し、大腸菌を用いてクローニングします。各PCR増幅断片の塩基配列を決定し、相同性検索によって微生物種を推定することで、もとの環境中の微生物群集構造を推定します。

16S rDNA解析の標準的な流れ

1. お客様にご指定頂いたプライマーセットを用いて16S DNAを増幅
2. PCR産物を精製後、ベクターにライゲーション
3. ベクターを大腸菌に導入し、培養
4. DNA試料についてお客様指定の数のコロニーピッキング
5. プラスミドDNAを調整
6. ユニバーサルプライマー（ベクター）またはお客様ご指定のプライマーによる塩基配列解析（片鎖）
7. 低精度塩基配列をトリミング
8. 公共データベースを用いて相同性検索を行い、上位10件までの菌種をリストアップ
9. 各クローンのトップヒットの種名による、微生物種組成のカウント

お客様からお送りいただくサンプル

• 環境サンプルから抽出・精製したDNA
  ※各サンプル最低1ug以上（濃度：100ng/ul）、ゲル電気泳動等でDNAの濃度、精製状態のご確認をお願いします。）
• プライマー（ユニバーサルプライマーをご利用の場合は、当社にてご用意いたします）
  PCR増幅用フォワード／リバースプライマー
  シーケンシング用プライマー
  
• サンプル名
  

※解析終了後、お送りいただいたサンプルは処分させて頂きます。

納品物

• 塩基配列解析結果（AB1形式、txt形式）
  ※お客様にご指定頂きました数のコロニーのシーケンス解析を実施しますが、良好な結果が得られないクローンが存在するケースもございますので、予めご了承下さい。
• 相同性検索結果
• 微生物叢構表

受託解析サービスのご依頼方法と注意事項について

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ご依頼の際は必ずお読みください。

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