微生物（細菌・真菌）簡易同定

概要

日本薬局方「遺伝子解析による微生物の迅速同定法」に準拠し、単離菌株からDNAを抽出後、微生物の特定遺伝子領域をPCRにて増幅します。サイクルシーケンス反応を行い、DNAシーケンサー（Applied Biosystems 3730）を用いて読み取った塩基配列情報を用いて相同性検索を行い、微生物種を同定します。

*1 16S rRNA の高度可変領域の一部（上流約500bp）
*2 18S rRNA と5.8S rRNA 間のスペーサー領域（ITS1）の遺伝子配列

解析の流れ

①寒天培地プレートから独立コロニーをピックします。

②加熱処理後した菌液にプライマーセット^*3を添加し、ダイレクトPCRによって解析対象の遺伝子領域を増幅します。

③PCR産物を精製し、シークエンシング反応を行い、DNAオートシーケンサーで塩基配列（両鎖解析）を読み取ります。

④得られた塩基配列を相同性（BLAST）検索によって国際塩基配列データベースと照合を行い、相同性の高い菌種のリストを作成します。

⑤国際塩基配列データベースと照合した結果、相同性の高い上位100件の菌種の系統分類を行います。

⑥得られた塩基配列とその類縁菌種の塩基配列を用い簡易的に系統樹を作成します。

*3 プライマーセット情報

標準価格・標準納期^*4

■ オプション解析

*4 納期は、当社営業日午前中までにサンプルをお受取した場合の標準納期です。解析サンプル数、オプションの有無によって変動する場合がございます。

納品物

サービス項目の解析実施内容に応じ、以下の結果を、Eメールにてご報告します。

• 簡易同定結果報告書（PDF形式ファイル）
• 波形データ（AB1形式ファイル）
• テキストデータ（txt形式ファイル）
• 相同性検索結果（Excel形式ファイル）

ご注文方法

依頼書に必要事項をご記入の上、FAXまたはE-mailにてお申込ください。

• 微生物簡易同定解析依頼書（ Excel形式／PDF形式）

• サンプルは、当社営業時間（9:00～17:00）に到着するようにお送り頂きますようお願いします。
• 土・日・祝日および当社指定休業日はサンプルの受取はできませんので、ご注意お願いします。
• サンプル発送料は、お客さまご負担でお願いします。

その他注意事項

• 純培養株のみが解析可能です。
• 病原性を有する、または有する可能性のある菌体の受け入れは行っておりません。
• お送りいただきましたサンプルは、解析終了後に廃棄いたします。
• サンプルのご返却をご希望の場合は、あらかじめ解析依頼書のサンプル返却希望欄にご記入をお願いします。送料着払いにてご返送いたします。
• サンプルをお送りいただく際の送料は、お客様のご負担となります。
• 以下の場合、サンプル不良と判断し、その時点で解析を完了し、ご報告いたします。
  • PCR反応はDNA抽出も含め最大２回まで行いますが、2回目でも産物が得られない場合。
  • シークエンシングを2回行っても明瞭な波形が得られず、解析不能塩基数が弊社出荷基準値を上回った場合。

■ お問い合わせ先 株式会社日立ソリューションズ　@Sales24